根据《个人独资企业法》规定，个人独资企业投资人对本企业的财产依法享有所有权，其有关权利可以依法进行转让。
个人独资企业存续期间登记事项发生变更的，应当在作出变更决定之日起的十五日内依法向登记机关申请办理变更登记。上述规定并没有禁止将个人独资企业整体转让，也没有禁止投资人姓名不得单独变更登记。另外，根据《税务登记管理办法》的规定，也没有禁止不得单独办理投资人变更登记。
虽然投资人变了，但登记证上的纳税主体还一直存续着，处理原投资人，相当于直接穿透，是不是合适？处理现投资人，是不是公平？
我觉得根据个人独资企业的性质，应该债随人走，这种情况下应该对原投资人进行处理处罚，这样防止原投资人逃废债、同时也避免现投资人背黑锅。当然，如果转让时双方就约定了，一切可能出现的债务都由新投资人承担，那么，这种民事合同如果不违反国家的强制规定，也是有效的。但双方之间的合同效力不及于第三人，也就是没有对外效力，这时还是对原投资人处理处罚，只是可以按照约定，新投资人可以代替原投资人出这个钱。不过，这种转让事后的隐患比较大，建议先注销再新设。
个人独资企业整体转让，是否涉及流转税？关于这个问题，没有找到明确规定。
我觉得，可以参照鼓励企业兼并重组有关增值税的政策：纳税人在资产重组过程中，通过出售方式将全部实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。
